台湾政府批准斥资30亿美元，用于台风过后的重建，并且宣布为在这次50年以来最严重的风暴袭击中的遇难者举行三天的官方默哀。星期四官方的死亡人数已经达到了141人。当局还报告说还有440人失踪，这些人恐怕被掩埋在泥石流中。几千个家庭仍然没有电和自来水。 农业损失估计约为4亿美元。救援和救灾物资源源不断进入台湾。
马英九总统的政府在承认对莫拉克台风反应缓慢后，正在努力重新得到公众的信任。 国防部长，外交部副部长和一名内阁官员因对风暴的反应迟缓，都已提出辞职。台湾行政院长刘兆玄星期三对记者表示，他赞同总统可能在9月进行内阁改组的想法。
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